Les démarches pour la création de l’ISP/Watsa ont commencé en fin 1995. Les principaux protagonistes en furent notamment les membres de l’ANAPEZA/ Watsa, S. Exc. Mgr Charles MBOGHA, d’heureuse mémoire, et feu l’Abbé Etienne TANDELE. Même s’il a ouvert ses portes le 15 novembre 1995, c’est, en réalité, à partir de septembre 1998 que l’ISP/Watsa a obtenu l’agrément provisoire. Il a produit ses premiers gradués en 2001.
La même année, il a été remis à l’Etat congolais, lequel a accepté de le prendre en charge. En 2004, il est transformé en Institution publique de l’Etat. Il fonctionne alors avec 4 départements: FLA, HSS, MP et B-C.
C’est en 2015 que sont introduits les Départements d’ACA, de GCA et de GAISF pour répondre aux besoins exprimés les écoles secondaires du milieu. Le 20 octobre 2021, le Ministre Muhindo Nzangi, par l’A.M. n° 329/MINESU/CAB.MIN/MNB/ RMM/2021, y autorise l’organisation du second cycle et l’ouverture de nouvelles filières. C’est suite à cela que sont ouvertes les filières “Secrétariat Commercial, Comptable et Informatique” ainsi que “Sciences Agronomiques et Vétérinaires”.